Obiettivi formativi
L’obiettivo principale del corso è quello di fornire conoscenze approfondite sulle nuove metodologie su scala genomica sviluppate e sulle loro possibili applicazioni in diversi campi della ricerca scientifica. L’obiettivo è anche quello di fornire agli studenti gli strumenti necessari per analizzare in maniera critica “case study” tratti dalla letteratura scientifica.
Prerequisiti
Conoscenze di base di biochimica, biologia molecolare e genetica.
Contenuti dell'insegnamento
Il corso fornirà informazioni approfondite sulle metodologie e le strategie per lo studio della struttura e delle funzioni dei genomi di organismi complessi, illustrate facendo ricorso ad esempi e casi di studio di applicazioni in ambito biomedico, agro-alimentare e ambientale.
Programma esteso
Passato, presente e futuro della Genomica.
Strategie di sequenziamento di un genoma e tecniche di “Next Generation Sequencing” (NGS).
Studio dei più rilevanti progetti genomici conclusi e in corso.
Analisi del trascrittoma: metodologie “single gene” e “high-throughput”.
Quantificazione dei livelli di espressione utilizzando metodologie “single gene”: es. Northern blot, PCR semi-quantitativa, Real Time PCR.
Microarray a DNA e confronto con tecniche basate su NGS (RNA-seq).
Analisi dei profili di espressione di miRNA.
Exome sequencing.
“Genome-wide association study” (GWAS) ed altri approcci genomici per applicazioni in ambito biomedico e ambientale.
Introduzione alla metagenomica ed all'epigenomica.
Editing del genoma.
“Case study” tratti dalla letteratura: interpretazione dei risultati utilizzando analisi di tipo funzionale.
Bibliografia
“Genetica & genomica nelle scienze mediche”. Strachan T et al. Zanichelli.
“Fondamenti di bioinformatica”. Citterich M.H. et al. Zanichelli.
“Genomi (IV edizione)”. Brown T.A. EdiSES.
Materiale addizionale fornito dal docente: slide e articoli scientifici di approfondimento.
Metodi didattici
Il corso si svolge con lezioni frontali e seminari su argomenti specifici, ma prevede anche esercitazioni sull’analisi dei dati genomici e la discussione di articoli scientifici su argomenti inerenti il corso.
Modalità verifica apprendimento
La valutazione dei risultati di apprendimento si basa su una prova orale
che prevede la preparazione di una presentazione con slide da parte dello studente su un argomento concordato con il docente. Questo tipo di esame premetterà di valutare non solo le conoscenze acquisite dallo studente durante il corso, ma la capacità di applicarle alla risoluzione di problemi di tipo sperimentale.
Conoscenze, applicazione delle conoscenze e capacità di apprendimento sono verificate durante la discussione della presentazione e nelle risposte alle domande. La capacità di comunicazione è verificata mediante l'esposizione della presentazione e nella risposta alle domande.
Altre informazioni
- - -
