Obiettivi formativi
L’obiettivo del corso è quello di far acquisire allo studente una certa familiarità con i più moderni metodi di analisi delle comunità microbiche per metterlo in grado di leggere, in modo critico, articoli scientifici sull'argomento e per dargli gli strumenti per valutare, attraverso queste analisi, gli impatti che diversi fattori esterni (inquinamento, variazioni climatiche, attività antropiche di vario genere, etc) possono avere su processi ambientali nei quali i microrganismi hanno un ruolo fondamentale.
Prerequisiti
Aver sostenuto l'esame di microbiologia generale aiuterebbe.
Contenuti dell'insegnamento
L’insegnamento intende fornire un approccio multidisciplinare (genomico, ecologico e bioinformatico) allo studio della biodiversità e all’analisi delle comunità microbiche.
Al termine del corso lo studente avrà acquisito le conoscenze di base inerenti lo studio di ecosistemi microbici. In particolare sarà in grado di:- conoscere le principali tecniche colturali e molecolari per l'identificazione dei microrganismi, i metodi dell’analisi filogenetica, i principi delle tecnologie omiche applicate la descrizione delle comunità microbiche nonché i metodi per lo studio delle loro attivita funzionali.
Programma esteso
Struttura di una comunità microbica- indici di biodiversità di comunità microbiche. Metodi tradizionali di analisi basati sulla coltivazione in coltura pura: isolamento e identificazione delle specie microbiche mediante metodi biochimici e sierologici.
Metodi molecolari applicati ai microrganismi isolati in coltura pura: PCR, analisi mediante elettroforesi su gel di agarosio, real-time PCR, clonaggio, sequenziamento, analisi RAPD, rep-PCR, ARDRA, RISA, ARISA.
Applicazione delle tecniche molecolari allo studio delle comunità microbiche, senza coltivazione dei microrganismi: isolamento di DNA ambientale, tecniche di fingerprinting genetico ARDRA, SSCP,T-RFLP, DGGE, RISA, LH-PCR, RAPD. Tecniche di sequenziamento ad alto rendimento (High Throughput) e loro applicazione allo studio di comunità microbiche. DNA/RNA Stable isotope probing. Ibridazione fluorescente in situ (FISH CARD-FISH, Raman-FISH, NanoSIMS). Microarray.
Bibliografia
Il materiale didattico sarà fornito dal docente.
Si farà riferimento alla letteratura scientifica più aggiornata
Metodi didattici
Lezioni frontali orali con riferimenti continui ai principi generali della pratica laboratoristica.
Modalità verifica apprendimento
Esame orale
Altre informazioni
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