Obiettivi formativi
Il corso offe un'ampia panoramica sulle principali applicazioni della bioinformatica nell'analisi di sequenze di DNA e proteine. Particolare attenzione è rivolta ai metodi di analisi di sequenza e di evoluzione molecolare applicati a genomi completi per la definizione della funzione di sequenze non annotate.
Prerequisiti
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Contenuti dell'insegnamento
<p>- Origini della Bioinformatica. Banche dati biologiche e loro principali sistemi di interrogazione.<br />
- Similarità omologia e allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine. Principali matrici usate negli algoritmi di ricerca di similarità tra biosequenze. Algoritmi per l’allineamento locale e globale tra sequenze. Multiallineamento. Ricerca di similarità nelle banche dati e valutazione della significatività statistica degli allineamenti.<br />
- Evoluzione molecolare. Principali metodi di costruzione di alberi filogenetici. Metodi per stima della significatività statistica degli alberi filogenetici. Applicazioni su geni e genomi.<br />
- Analisi linguistica delle biosequenze. Ricerca di segnali in sequenze di DNA. Uso differenziale di codoni sinonimi in geni codificanti proteine, e suo possibile significato funzionale. Ottimizzazione dell'espressione eterologa di geni previa modulazione dell'uso dei codoni. Metodiche di Gene Finding: identificazione di ORFs, strutture esoni/introni, promotori.<br />
- Analisi sui genomi: dal sequenziamento all’analisi del trascrittoma. Ricerca di sequenze ripetute nei genomi con particolare riferimento alle sequenze mobili. Identificazione di geni per “non coding RNA” </p>
Programma esteso
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Bibliografia
AM Lesk, Introduzione alla Bioinformatica, McGraw-Hill<br />
G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole "Introduzione alla Bioinformatica", Zanichelli Ed.
Metodi didattici
Fa parte integrante dell'esame la discussione di un elaborato svolto dallo studente su una problematica assegnata dal docente al termine del corso.
Modalità verifica apprendimento
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Altre informazioni
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