SYSTEM BIOLOGY - BIOLOGIA DEI SISTEMI

Introduzione sulla System Biology nel contesto delle biotecnologie moderne;ù
Introduzione alle omiche (in particolare studi di trascrittomica e proteomica)
La teoria dei grafi;
Topologia dei network (grado, distanza, diametro, coefficiente di clustering, betweenness);
Interazioni nelle reti e funzioni biologiche: vie, nodi;
Modelli di network (random, scale-free, gerarchici);
Concetto di “hub”
Moduli, motivi e network gerarchici;
Identificazione delle interazioni tra fattori di trascrizione e i loro siti di legame (ChIP)
Esempi di reti con fattori di trascrizione e sequenze di DNA: approcci sperimentali per lo studio di tali reti
Saggio mono-ibrido; doppio-ibrido; triplo ibrido; reverse two-hybrid;
Esempi di reti con interazioni tra proteine: interattomi e loro limitazioni
Metodi per identificare interazioni proteina-proteina e proteina-DNA;
Origini della robustezza: ridondanza dei nodi; presenza di vie alternative;
Reti di regolazione genica:
Modelli matematici e systems biology: come si costruiscie un modello, modelli stochiometrici, metabolici e cinetici, esempi
Systems biology vs synthetic biology