Descrizione e scopo
Il progetto ha analizzato dati RNA-seq e ChIP-seq provenienti da organoidi epatici murini trattati con acido oleico per modellare la steatosi epatica non alcolica (NAFLD), con l'obiettivo di valutare come la compressione nucleare influisca sulla meccanica nucleare e sulla regolazione della cromatina.
Finalità
Valutare le alterazioni trascrittomiche e cromatiniche indotte dall'acido oleico, identificando i processi biologici, le vie di segnalazione e i regolatori molecolari collegati alla NAFLD e alla meccanica nucleare.
Risultati attesi
Attivazione di geni e vie associati alla NAFLD, convalida degli organoidi trattati con acido oleico come modello di malattia rilevante, rilevamento di potenziali cambiamenti nei profili H3K9me3 che riflettono il rimodellamento della cromatina tra le condizioni e approfondimenti sui meccanismi molecolari che guidano le alterazioni nucleari.
Risultati raggiunti
L'analisi Bulk RNA-seq con strumenti specifici ha rivelato un arricchimento nei processi nucleari e relativi alla cromatina, oltre ai geni metabolici. L'analisi dei percorsi e dei regolatori a monte ha convalidato il modello organoidale. Il confronto con i dataset pubblici ha confermato le caratteristiche della malattia NAFLD. L'analisi ChIP-seq di H3K9me3 non ha mostrato differenze significative tra le condizioni, suggerendo livelli stabili, ma sono necessari ulteriori studi per indagare possibili cambiamenti dei marcatori istonici negli elementi trasponibili.
